Also, da ich wohl wahrscheinlich die meiste "Erfahrung mit dem Wehrbeauftragten" habe, kurz eine Erklärung, die hier im Forum aber schon ein (paar) mal stehen sollte: Der Wehrbeauftragte ist ein parlamentarisches Kontrollorgan und kein Vorgesetzter in der Hierarchie der Bundeswehr. Somit kann "der Wehrbeauftragte" schon grundsätzlich keinem Soldaten persönlich in seiner Sache helfen: Er kann niemandem etwas befehlen und keine Dienststellen anweisen.
Wenn der WB aber Kenntnis von tatsächlichen oder vermeintlichen Missständen erhält, ermittelt er, d. h. es geht ein Prüfauftrag die gesamte Bw-Kette herunter (angefangen oft beim BMVg). D. h. für den Betroffenen, dass jede Menge Dienstaufsicht bewegt wird. Das hat zwar den von Ralf beschriebenen Nachteil, dass die Bearbeitung einer Eingabe unheimlich aufwendig und teuer ist, für den Beschwerdeführer aber den Effekt, dass sehr schnell hohe Dienstaufsicht mit dem konkreten Fall befasst ist und hier oft auch höher qualifiziertes Personal. Wurde z. B. irgendeine Exotenvorschrift nicht beachtet weil die auf Einheits- oder Verbandsebene keiner kennt, kann es sein, dass die Dienstaufsicht im FüKdo hier schnell interveniert und Abhilfe schafft. Das führt dann beim Betroffenen zum Gefühl: "Der WB hat mir geholfen".
Man kann sich das etwa so vorstellen, dass die Eingabe quasi entgegensetzt zur Beschwerde verläuft: bei Letzter prüft zuerst die Einheits-, dann die Verbandsebene usw. Bei der Eingabe geht es vom Ministerium oder FüKdo runter.
Wird aber letztlich festgestellt, dass von Bw-Seite alles richtig gemacht wurde (d. h. Gesetze und Vorschriften wurden formal richtig beachtet und angewendet), geht der Bericht so an den WB. Wenn der das in Ordnung empfindet, bekommt der Eingebende tatsächlich nur das beschriebene "Danke-Schreiben". Findet der WB das Ergebnis nicht in Ordnung, schreibt er das in seinen Bericht als Mangel. Dem Eingebenden hilft das aber gar nichts.
Also Fazit: Vordringliches Mittel sollte immer (!) zunächst das Gespräch mit dem oder den Vorgesetzten sein und dann die Beschwerde! Wenn dann einer wirklich noch meint, hier wird Recht missachtet oder das bestehende Recht gehört auf den parlamentarischen Prüfstand, dann ist die Eingabe das Mittel der Wahl.